Der Pokédex 3D war einer der wenigen Titel, die zum Start des eShops als Download bereit standen. Die kostenlose Anwendung ermöglichte es zahlreiche Pokémon als 3D-Modell zu betrachten und Informationen abzurufen. Die Anwendung konnte ihren Sinn zwar erfüllen, doch wies das Manko auf, dass sie lediglich die Pokémon der aktuellen Spiele-Generation umfasste.

Am 8. November erscheint nun der Pokédex 3D Pro, der die normale Ausführung der Anwendung kürzlich aus dem eShop verdrängte. Zwar umfasst der Pokédex 3D Pro nun ausnahmslos sämtliche Pokémon und ihre Spezialformen und kommt mit neuen Funktionen, wie einem Quiz-Spiel daher, doch ist künftig nur noch kostenpflichtig erhältlich. Ein kürzlich veröffentlichter Trailer fasst alle Funktionen der Anwendung zusammen.